Previamente a la aplicación, se hará una evaluación exhaustiva del árbol para determinar su estado fisiopatológico. La aplicación del producto se realizará a través de unos inyectores o dispositivos (Dependiendo estos del tipo de sistema o método a aplicar), que van en unos orificios hechos en el tronco a cierta profundidad. Estos agujeros se hacen con una broca especial para evitar que queden restos de madera en el tronco pudiendo generar posibles futuras infecciones al árbol.
El número de perforaciones mínimo dependerá del perímetro y especie del árbol. Se podrá discriminar, siempre positivamente, la cuantía de orificios (dependiendo de la geometría del tronco) con tal de homogeneizar mejor la aplicación. Estos inyectores, están provistos de una válvula de retención y seguridad para impedir la dispersión del producto en el medio ambiente y el contacto de éste con el operario y los usuarios.
Los usos de la Endoterapia se extienden a cualquier tipo de árbol con unos tiempos de aplicación que oscilan entre los 30 segundos hasta los 10 minutos. Se pueden tratar tanto plagas como enfermedades criptogámicas con una eficacia prolongada de un año. El tratamiento es específico, pues sólo actuará contra los insectos fitófagos respetando así los fitoseidos. Al tener una gran persistencia del producto (mayor de 1 año) se evita los problemas de resistencias.
La Endoterapia es un tratamiento que funciona a partir de la capacidad de flujo de savia que hay en el interior de los tejidos vasculares (básicamente xilema). El flujo de savia viene determinado en función de dos parámetros: La traspiración y la fotosíntesis. Por lo tanto, cuando tengamos estas dos variables en funcionamiento, el tratamiento funcionará al máximo.
A grandes rasgos, las frondosas se trataran en primavera mientras que las coníferas en otoño habiendo variación en función de la especie y de la plaga a tratar. Pero la ventaja de estas fitoterapias o tratamientos es que pueden aplicarse durante el transcurso del año y en cualquier época, solo variando sus efectos en la velocidad de translocación debido a la estación en la que este sea aplicado.
Cabe destacar, que no todos los árboles tienen el mismo grado de permeabilidad del producto, así tendremos especies más porosas que otras. Para solventar este problema, la máquina tiene incorporado un regulador de presión de trabajo. Para que no haya exceso de presión o si el árbol se encuentra muy afectado y débil, poder ayudar al mecanismo de translocación asegurando así la perfecta penetración del producto.
La máquina respeta los umbrales de presión constante según lo determinado por el aplicador y regulado por este en el regulador de presión que tiene la maquina incorporado, pues sólo trabaja a la de la presión preestablecida para evitar producir daños mecánicos en el sistema vascular de la planta.